Ljudske naseobine na području Kostajnice poznate su još iz perioda tzv. « Vučedolske kulture», te poslije iz «bronzanog i željeznog doba». Prema pronađenim ostacima i sačuvanim dokumentima još u doba Rimljana, na području Kostajnice odvijao se trgovački saobraćaj preko rijeke Une. Zahvaljujući takvom položaju, Kostajnica je bila već tada značajno naselje sa izgrađenim rimskim vodovodom.

Ime Kostajnica se prvi put spominje 1258. godine. Tokom srednjeg vijeka Kostajnica je u sastavu Ugarske kraljevine tj. u posjedu vlastele koja priznaje ugarsku krunu. Nakon 1513. godine (pobjeda Turaka kod Dubice) u stalnom ratovanju mijenjaju se gospodari; Turska i Austrougarska. U periodima turske vladavine stanovništvo ovog kraja je podizalo brojne bune. Najpoznatija je Pecijina buna 1858. godine koju su podigli hajduci Petar Petrović Pecija i Petar Garača.