Naselje Mrkonjić Grad je na sadašnjem mjestu nastalo 1593. godine, kada je tu svoj vakuf (zadužbinu), podigao kizlar-aga Đukanović (u narodu poznat kao Krzlar-aga), porijeklom iz obližnjih Kotlina. On je uzet kao „danak u krvi“.

Grad 1925. godine mijenja ime u Mrkonjić Grad, u znak sjećanja na srpskog vladara Petra I Karađorđevića koji je kao Petar Mrkonjić učestvovao u bosansko-hercegovačkom ustanku 1875. godine.

Nakon austrougarske okupacije 1878. godine, grad počinje intenzivnije da se razvija. Modernije se organizuje prosvjetni i administrativni život, pokreće se eksploatacija bakra u Sinjakovu, grade se putevi i sl. Ovaj period karakteriše dobro razvijen kovački zanat i trgovina.

Tokom II svjetskog rata, partizanske jedinice su oslobađale Mrkonjić Grad ukupno 39 puta, što je jedinstveno u čitavoj bivšoj Jugoslaviji.